附录

日期:2016-07-23 / 人气: / 来源:未知

◎附录1:信息分析内容

   世宸拥有专业的蛋白质组质谱数据相关的生物信息分析团队、专注于各类质谱数据的深度解析、蛋白质功能注释、结果可视化展示等,还可以根据您的需求定制个性化的数据分析


蛋白质功能注释分析 GO注释 GO是一个国际标准化的基因功能分类体系,提供了一套动态更新的标准词汇表来全面描述生物体中基因和基因产物的属性、GO总共有三个本体,分别描述基因的分子功能(molecular function)、所处的细胞位置(cellular component)、参与的生物过程(biological process)。
COG注释 COGs 建立了一个已完成测序基因组编码蛋白的进化树分类,包
含2112个COGs,分成21个功能类别。通过该数据库可以预测单个或一组蛋白的功能。
Pathway通路注释 在生物体内,不同蛋白相互协调行使其生物学行为,基于Pathway的分析有助于更进一步了解其生物学功能。
通过Pathway分析能确定蛋白质参与的最主要生化代谢途径和信号转导途径。
差异蛋白功能富集分析 差异蛋白的GO富集分析 GO显著性富集分析方法是以GO功能条目为单位,应用超几何检验,找出与所有鉴定到蛋白相比,在差异蛋白中显著性富集的GO。
通立GO显著性富集能确定差异蛋白参与的最主要生化代谢途径和信号转导途径
差异蛋白Pathway
富集分析

 
Pathway显著性富集分析方法是以KEGG Pathway为单位,应
用超几何检验,找出与所有鉴定到蛋白相比,在差异蛋白中显著性富集的
Pathway。
通过Pathway显著性富集能确定差异蛋白参与的最主要生化代谢途径和信号转导途径。
表达量层次聚类分析 在研究按照处理时间、剂量、疾病恶化程度顺序设计的序列实验时,为了得到差异蛋白当中与样本变化相关的蛋白群,可以对蛋白进行表达趋势聚类,并对趋势进行显著性分析,可以精确、直观地筛选出随样本顺序变化影响最显著的蛋白群。
采用常规趋势聚类如层次聚类或者k-means,可以将差异蛋白所参与的主流表达趋势科学、准确的筛选出来。
蛋白质网络互作预测 对于鉴定的或发现的差异蛋白,世宸基于序列相似的蛋白往往执行相似功能的原理,通过和STRING数据库的蛋白库做序列相似性比对,再经过较严格的过滤标准,从STRING数据库中提取目标蛋白的相互作用蛋白,并进一步预测其复杂的网络互作,最后使用Cytoscape软件呈现出蛋白的复杂的网络互作图。
转录组&蛋白质组数据
关联分析

 
基因分别在基因组、转录组、蛋白质组层次的定性关联分析 通过这种“全景式”的分析比较,可实现期间的互补和整合,对生物体中基因及其表达产物的全方位分析
 
转录组、蛋白质组样品间表达量变化关联分析 世宸全面分析两个层次基因上下调关系(如mRNA和蛋白表达量变化一致且显著、mRNA和蛋白表达量变化一致且不显著、mRNA和蛋白表达量变化相反),以及转录组和蛋白质组在功能注释上的关联分析,更细致清晰地为您呈现其中的转录翻译调控机制和基因作用机理。
质谱数据深度挖掘 目前的谱图解析率往往只有40%左右,仍有大部分谱图得不到解析,这些数据无疑没有有效利用。我们采用多引擎综合搜索、denovo 和MS-BLAST技术尽实现质谱数据的深度挖掘、解析(解析率提升约20%)。

◎附录2:

送样要求——

1、动物组织的样品量湿重不少于100mg。
2、植物或真菌、细菌 ,噬菌体等微生物类样品量湿重不少于2g。
3、富含杂质或蛋白质含量低的样品量湿重不少于5g,如植物的根、木质部、韧皮部组织等。
4、细胞样品中细胞数需大于5x 106个(约细胞沉淀体积50ul左右)。
5、体液类样品(如唾液、羊水、脑脊液等)需500ul以上,并保证没有溶血现象;血液要求5ml以上,血清要求500ul 以上,血浆要求500ul以上,尿液要求50ml以上。
6、如直接提供蛋白质提取物,浓度不少于1ug/ul,总量不少于500ug,且必须要告知缓冲液成分及对应浓度。
7、2-DE胶点或SDS-PAGE胶条,要求考马斯亮蓝或银染染色肉眼可见,银染胶不能使用戊二醛进行显色,且保证在电泳后一周内进行切胶送样。
8、如属蛋白鉴定送的是蛋白液样品,需5ug以上蛋白量,浓度不少于1ug/ul,而且必须告知缓冲液成分及对应浓度.
9、如属蛋白分子量测定样品,蛋白纯度应>90%,蛋白量需5ug以上,浓度不少于1 ug/ul,且需要告知缓冲液成分及对应浓度。
10、如属需要富集的修饰分析样品,应加大送样量,每次富集至少需要1mg蛋白量,若进行分组,则所需蛋白量为1 mg*组分数,如用HPLC分10个组分则需10mg。若提供富集的肽段,总量不少于1ug。
11、多肽类溶液样品,浓度需大于50fmol/ul,样品体积不低于10ul,对于成分复杂的样品,需保证消化前蛋白含量不少于50ug,肽段溶液的液体成分要提供,如其中盐离子浓度等。
12、在细胞器蛋白质组学方面,提取细胞器或亚细胞器的工作在原则上世宸不予处理,由客户自行提取后送样,蛋白沉淀量在1mg以上;特殊情况可与销售人员具体商议。

特殊说明——

1、2-DE电泳胶、胶点和SDS-PAGE胶条,都不建议长时间浸泡在溶液里。因为胶的孔径比蛋白质大,如果胶是浸泡在溶液里的话,蛋白会在胶里发生扩散,从而使蛋白鉴定的阳性率降低。
2、客户感兴趣的2-DE差异点,尽可能地将点全部挖出来;如果一个样品跑了平行胶,建议客户将平行胶上相对应的需要鉴定的点全部挖出来以保证良好的鉴定结果;对于两个或多个差异点挨得很近的情况,挖点时要小心点,在尽可能多的取得感兴趣点的同时,要注意避免挖到临近点,这一点在有高丰度蛋白存在的情况下尤其要注意。
3 、SDS-PAGE--维电泳胶图看到的单一条带,它可能是单一蛋白,也可能是某些分子量相同的蛋白混合物。因此,在客户不确定该条带内蛋白种类的情况下,建议客户选择胶条鉴定,以保证尽可能多地鉴定出该条带里的蛋白。
4、如果样品中有毒性或腐蚀性的物质.必须事先声明。
5、如果样品为病原性微生物,或具侵染性的病变组织则必须灭活后送样。
6、若样品已经过处理,请注明处理的过程及使用的试剂。为保证实验效果,请务必告知最终的缓冲液成分,尽量不要有SDS,强离子盐等。样品中应不含核酸、脂类、多糖等影响分离效果的成分。
7、如果样品材料具有特殊性请备注说明,如具有很厚的荚膜、容易氧化等等。
8、客户需要特殊的处理方法,请备注说明。
9、如果样品或其类似物曾在本单位做过或有文献报道,请提供有关信息。检测样品如果为重组表达的融合蛋白,最好提供其可能的氨基酸序列。

◎附录3:蛋白质组服务询价信息表

请您详细填写以下问题并将填写完整的表格以附件形式发送至
我们会根据您提供的详细信息进行仔细评估,并第一时间将评估结果发至您的邮箱。
感谢您选择并信任世宸,以客户为中心,让客户满意,是我们存在的唯一理由。

◎客户基本信息

姓名  
单位  
电话  
邮箱  
◎样品信息
物种名称 种名                                             拉丁名
样品类型 □组织样本   □细胞样本   □胶点   □胶条   □蛋白溶液   □蛋白干粉   □自己提取的总蛋白
(备注:如需进行组学鉴定和定量,则推荐您提供细胞或组织,会达到更好的实验效果)
样品个数                             (备注:实验重复样本、技术重复样本需要单独计算样本个数)
样品是否具有传染性 □是   □否
(备注:如样品具有传染性,请务必说明,以便我们妥善处理,如未作申明,则一切后果将由客户自己承担)
◎实验信息
服务选择 差异蛋白寻找:□ITRAQ   □SILAC   □SWATH   □其他
蛋白质修饰位点寻找: □磷酸化  □乙酰化 □泛素化  □甲基化  □ 糖基化   □其他   □发现互作蛋白   □胶点/胶条鉴定   □免疫共沉淀+质谱鉴定    □其他
(备注:上述为平台的常规服务项目,如有特殊要求,请备注,我们会尽快安排技术支持与你联系)
实验要求 □标准的实验重复、技术重复,可直接用于发表文章
□大项目中的一个组成部分,结果用于后续实验
□仅作为一个预实验,看是否需要继续进行
(备注:实验重复样本,技术重复样品需要单独计算样本个数)
多肽分组分 □12组分(标准化)   □20组分   □24组分  □36组分   □40组分 
(备注:我们采用RP-C18的方法分组分,是当今最好的方法,低复杂样本一律做2hr质谱,即单组分,无需选择)

◎项目信息
项目启动时间 □立即启动   □1个月   □2个月    □半年    □其他
(备注:我们会根据您的项目启动时间具体安排机时,同时安排销售人员跟进)
项目是否通过预算申请 □此处询价将被用来申请预算  
□此项目已通过预算申请
 
 依据您所提供的信息,我们会及时的给出合理的推荐及报价。想了解更加详细的信息,请联系我们

◎咨询电话:0591-83300950
 

 

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