蛋白质组定量

日期:2016-07-26 / 人气: / 来源:未知

   定量蛋白质组学(Quantitative Proteomics)是对一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂混合体系内所有蛋白质进行精确鉴定和定量。可用于筛选和寻找任何因素引起的样本之间的差异表达蛋白,结合生物信息学揭示细胞生理病理功能,同时也可对某些关键蛋白进行定性和定量分析。
    世宸依托AB SCIEX的Triple TOF 5600 plus质谱平台,采用Label-free、iTRAQ、SWATH、SILAC等技术,提供蛋白质组定量服务。 
Label-free定量蛋白质组
服务简介
Label-free定量不需要对比较样本做特定标记处理,只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化,通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。 Label-free技术又可分为基于谱图数(Spectra Count.,简称SC)和基于肽段母离子强度(或色谱离子流的峰面积即XIC)两种方法,后者更准确,使用更广泛。 Label-free技术对液相色谱串联质谱的稳定性和重复性要求较高,但无需昂贵的同位素标签做标记。利用 Label-free技术,也有不少高质量的文献发表。
服务流程

 接受订单及样品   蛋白酶解   HPLC分组分离   LC MS/MS   数据分析    结果交付
客户提供
需鉴定的样品;
样品信息单,需详细填写样品来源、含量、状态及其他基本信息
最终交付
实验报告一份,含具体实验流程及蛋白质组鉴定及定量结果(生物信息学分析)。
生物信息学分析内容包括:
1、 Label--free定量:包括定量信息统计、蛋白质定量结果及肽段定量统计;
2、功能注释:包括GO注释、COG注释和Pathway代谢通路注释;
3、差异蛋白的富集分析:包括差异蛋白的GO富集分析和差异蛋白的Pathway富集分析。
服务周期
自送样起45个工作日。
适用范围
适用大样本量的定量比较;对无法用标记定量实现的实验设计,宜用Label--free技术;要求物种具有蛋白质参考数据库、EST序列(转录组)或基因组注释信息。
技术特点
无需标记,操作简单;不受比较样品数限制;对实验操作稳定性、重复性要求高;准确性标记定量差;要求至少做三次技术重复或生物重复。
iTRAQ定量蛋白质组
◎服务简介

    iTRAQ(isobaric tags for relative and absolute quantitation)技术是由AB SCIEX公司研发的一种体外同重同位素标记的相对与绝对定量技术,利用多种同位素试剂标记蛋白多肽N末端或赖氨酸侧链基团,经高精度质谱仪串联分析,可同时比较多达8种样品之间的蛋白表达量,是近年来定量蛋白质组学中应用最广泛的高通量筛选技术。
    世宸蛋白质组学技术平台提供iTRAQ定量蛋白质组技术服务,具有灵敏度高、分离能力强、高通量等特点,特别适用于采用多种处理方式或来自多个处理时间的样本的差异蛋白分析,并可同时得出鉴定和定量结果。
服务流程
服务流程

接受订单及样品   蛋白酶解   iTRAQ标记    样品混合   HPLC分组分  LC MS/MS    数据解析   结果交付
客户提供
需鉴定的样品(送样要求如附件2);
样品信息单:需详细填写样品来源、含量、状态及其他基本信息
最终交付
实验报告一份,含具体实验流程及蛋白质组鉴定及定量结果(生物信息学分析)。
生物信息学分析内容包括:
1、 iTRAQ鉴定:包括鉴定信息统计、重复性分析、Unique、肽段数分布、肽段长度分布;蛋白覆盖度分布;
2、 iTRAQ定量:包括定量信息统计、蛋白质丰度比(FC)分布、表达量层次聚类分析
3、蛋白质功能注释:包括GO注释、COG注释和Pathway代谢通路注释;
4、差异蛋白的富集分析:包括差异蛋白的GO富集分析、差异蛋白的Pathway富集分析。
服务周期
自送样起45个工作日。
适用范围
适用于任何类型的样品;一次最多能标记8个样本;要求物种具有蛋白质参考数据库、EST序列(转录组)或基因组注释信息。
技术特点
1)灵敏度高:可检测出较低丰度蛋白,胞浆蛋白、膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白等
2)分离能力强:可分离出酸/碱性蛋白,小于10k或大于200k蛋白、难溶性蛋白;
3)高通量:可同时对8个样本进行分析,特别适用于采用多种处理方式或来自多个处理时间的样本的差异蛋白分析;
4)结果可靠准确:定性与定量同步进行,同时得出鉴定和定量结果,重复样品间的蛋白表达量相关性可达到0.95以上;
5)自动化程度高:液质连用,自动化操作,分析速度快,分离效果好.
SWATH定量蛋白质组
服务介绍
    SWATH( Sequential Window Acquisition of all THeoretical Mass spectra )是瑞土苏黎世联邦理工学院的Ruedi Aebersold博士及其团队与AB SCIEX联合推出的一项全新的质谱技术。SWATH采集模式是一种新型的MS/MS扫描技术,它将扫描范围划分为以25 Dalton为间隔的一系列区间,通过超高速扫描来获得扫描范围内全部离子的所有碎片信息,是MS/MS技术的扩展,SWATH技术是一种真正全景式的、高通量的质谱技术,同时也大大提高了定量的可重现性。
    世宸现有的Triple TOF 5600-plus质谱系统,使 SWATH定量具有较高的准确度和动态范围,可检测到蛋白质的丰度差异极大,跨越4个数量级。且 SWATH方法的灵敏度和动态范围与SRM分析水平相当。目前,世宸是国内首家推出 SWATH技术服务的供应商。
服务流程

接受订单及样品  蛋白酶解  还原、烷基化、酶切    除盐抽干   HPLC分组分   LC-MS/MS DDA模式质谱检测     生物信息分析   结果交付
客户提供
需鉴定的样品;
样品信息单:需详细填写样品来源、含量、状态及其他基本信息
最终交付
实验报告一份,含具体实验流程及蛋白质组鉴定及定量结果(生物信息学分析)。
生物信息学分析内容包括:
1、SWATH参考谱图数据库构建: 通过DDA模式的扫描结果、谱图数据库构建、全谱鉴定及结果可靠性评估
2、SWATH定量:根据二级碎片离子的全扫描结果实现二级离子的定量; SWATH结果可靠性分析;差异表达分析;层次聚类;PCA分析等
3、蛋白质功能注释:包括GO注释、COG分类和KEGG Pathway分析;
4、差异蛋白功能富集:包括GO富集和Pathway富集。
5、差异蛋白网络互作:基于STRING 数据库的PPI分析,基于Cytoscape的可视化展示。
服务周期
自送样起45个工作日。
适用范围
物种具有基因组序列、ESTS序列或蛋白质参考序列;
最好检测细菌等复杂度较低的样品
可以和MRMHR技术联合使用发现生物标志物;
可以和TAP技术联合使用鉴定相互作用蛋白。
◎技术特点
1、灵敏度高:SWATH技术继承了MRM的数据采集模式,结合高分辨率的AB SCIEX Triple TOF-plus,具有与MRM相当的灵敏度;
2、可重现性高:重复样品间的定量相关性可达到0.99以上;
3、定量准确度高:定量准确度几乎与MRM技术相当;
4、线性动态范围广:定量范围可跨越4个数量级;
5、通量大:一次实验可检测到2000种以上蛋白并定量。
SI LAC定量蛋白质组
服务简介
    SILAC(Stable Isotope Labeling with Amino acids in Cell culture)技术是利用哺乳动物细胞增殖对必需氨基酸的依赖性原理而设计的代谢标记蛋白质的方法,SILAC技术应用于定量蛋白质组研究,为全面、系统地定性和定量分析复杂哺乳动物细胞蛋白质组提供了有效的方案,是目前最先进的、进行细胞中蛋白质相互作用和蛋白质表达差异的定量蛋白质组学技术。
    世宸提供SILAC定量蛋白质组技术服务,可用于多个样品或同一样品不同条件下全细胞蛋白或亚细胞蛋白的差异比较,直接判定蛋白质表达水平差异、区分特异性和非特异性相互作用等。与其他相对定量的质谱技术相比,存在灵敏度高、定量准确,且实验误差小等优势。
服务流程

接受订单及样品   蛋白提取  SDS-PAGE分离     蛋白酶解   HPLC分组分    LC-MS/MS   数据分析  结果交付 
客户提供
需鉴定的样品;
样品信息单:需详细填写样品来源、含量、状态及其他基本信息
最终交付
实验报告一份,含具体实验流程及蛋白质组鉴定及定量结果(生物信息学分析)。
生物信息学分析内容包括:
1、SILAC定性分析:包括肽段、蛋白鉴定结果统计、重复性分析、unique 肽段数分布、肽段长度分布、蛋白覆盖率分布
2、SILAC定量分析:包括肽段、蛋白定通量统计、差异蛋白筛选、蛋白丰度比值分布、差异蛋白表达量层次聚类分析;
3、蛋白质功能注释分析:包括GO分类;COG注释和Pathway通路分析;
4、差异蛋白功能富集:包括对差异蛋白GO富集分析,差异蛋白Pathway通路分析。
5、差异蛋白网络互作分析(高级分析)
6、蛋白质结构域预测(高级分析)
适用范围
只适用于活体培养的细胞,对于生物医学研究中常用的组织样品,体液样品等无法分析,对于动物模型的标记成本太大,无法实现;物种已知基因组序列、ESTs或蛋白质组全库序列。
服务周期
自送样起45个工作日。
技术特点
1、高效性:SILAC是体内标记技术,标记效率可高达100%定量精确,线性范围广,降低由于样品制备、实验操作和仪器设备造成的实验误差,定量重复性好;
2、体内代谢标记与SDS--PAGE或色谱分离技术相结合,兼容疏水性蛋白和偏碱性蛋白,不受蛋白性质限制;
3、由于该技术属于体内标记,标记效果稳定,其标记效率不受裂解液的影响,不仅适合于进行全细胞蛋白的分析,还适合于膜蛋白的鉴定和定量;
4、与化学标记相比,SILAC方法蛋白需要量明显减少,通常每个样品只需要几十微克的蛋白量;
活体标记,更接近样品真实状态;
5、相容性:可以对多种在DMEM或RPMI 1640培养基中能够培养的细胞或细菌中表达的蛋白进行标记

咨询电话:0591-83300950

作者:admin


现在致电 18059179980 OR 查看更多联系方式 →

Go To Top 回顶部